Хотя церковь Александра Невского и была первой русской церковью на Святой Земле (определение места 1860, строительство 1877 гг.), русские паломники приезжали в Иерусалим и значительно ранее. Первое упоминание о русских в Иерусалиме - самое начало 12 века (1104-1107 гг.) - о паломнической группе, которую возглавлял игумен Даниил, оставивший нам свои путевые заметки. В 1582 году в Палестину уже отправилось российское посольство под руководством купца Коробейникова.
В 1820 году в монастырском странноприимном доме (но еще не русском) неподалеку от Храма Гроба Господня жил русский дипломат Дмитрий Дашков, но уже в 1835 русского дворянина Авраама Норова в Иерусалиме встречают три русских монаха, "живущих здесь издавна". В 1850 году русский поэт и собутыльник Пушкина Петр Вяземский не отмечает наличия русского странноприимного дома в Иерусалиме, а вот писатель Николай Берг, посетивший Святой город всего лишь десятилетие спустя пишет о русской гостинице "которую в народе называют "Казанова"" (А.Резников) - видимо от "Каса Нова".
Однако официальное открытие Русской Духовной Миссии в Иерусалиме состоялось лишь 11 февраля 1856 года, а через несколько месяцев произошло и первое посещение Палестины членом императорской фамилии Великим Князем Константином Николаевичем с супругой и малолетним сыном.
К тому времени русским консулом В.И.Дорогобужиновым уже был куплен участок земли под строительство консульства, называвшийся в обиходе "Русским местом возле Храма Гроба Господня". При расчистке участка под фундаменты из-под земли появились остатки древних стен и арок. Стало ясно, что необходимы археологические изыскания, к которым были привлечены западные учёные: англичанин Вильсон, французы М. де Вогэ и Шарль Клермон-Ганно. Однако открытые ими архитектурные фрагменты сколько-нибудь удовлетворительной идентификации тогда еще не получили. Строительство консульства было перенесено на другой участок, купленный вне городской черты того времени.
Несколько позже, по приезду в Святую Землю архимандрита Антонина Капустина и по его инициативе, работы начались вновь.
Он привлёк к изысканиям известного немецкого архитектора и археолога Конрада Шика, который провёл более упорядоченные раскопки на этом месте, в результате которых были сделаны новые открытия, а часть старых находок идентифицирована. В том числе была обнаружена часть довольно мощной городской стены, возведенной, по предположению Антонина, ещё при Нехемии в 445 г. до н.э. (Нехем. 2). Она была тогда названа второй обводной иерусалимской стеной, однако судя по последующим изысканиям, эта трехметровая стена - более поздняя и относится скорее всего к внешней стене форума императора Адриана, к 135 году н.э., о том же гвоорит и наличие остатков римской мостовой в том же культурном слое.
Однако, поскольку эти первые исследователи являлись либо представителями религиозного истэблишмента (как отец Антонин), либо были склонны к религиозно-христианскому восприятию археологии, то они и определили эту находку как порог Судных врат, за которые, по христианской традиции, и был выведен Иисус на Голгофу. В любом случае, современная археология утверждает, что в этом месте не было (и не могло быть) городской стены, здесь находился внутренний жилой квартал того времени, а казнь происходила вне городских стен.
По утверждению Конрада Шика и Антонина эта стена и Судные врата были разрушены при взятии Иерусалима Титом в 70 году н.э. и более никогда не восстанавливались. Кроме того, были обнаружены остатки базилики Храма времён правления императора Константина I Великого и ряд последующих пристроек, относящихся к ранневизантийскому периоду (VII - VIII в.в.).
Опыт проведения археологических работ на "Русском месте в Иерусалиме" явился первым и, к сожалению, последним случаем, когда русские учёные проводили систематические раскопки в Палестине. Все остальные археологические изыскания русских исследователей носили случайный характер, материалы исследований практически не описаны и не изданы, в том числе и результаты раскопок, предпринимавшихся архимандритом Антонином на Масличной горе, в Гефсимании, в Яффо, Иерихоне и других местах. Вместе с тем, обнаруженные отцом Антонином находки, всё же стали экспонатами музея, основанного им при Русской Духовной Миссии в Иерусалиме (коллекция палестинской керамики, саркофаг эллинистического времени и некоторые другие). Музей этот ныне располагается на территории Елеонского Православного женского монастыря.
На этом месте было решено возвести храм и ряд других построек. К 1896 г. работы были завершены и храм освятили в честь Св.благоверного князя Александра Невского, соименного святого императора Александра III.
Современная церковь открыта только для русских паломников и только по предворительной договоренности. Однако тот, кому кдастся все же сюда попасть увидит узкий коридор, на стенах которого висят различные портреты членов императорской семьи и чиновников двора.
В притворе храма находится памятная доска с надписью: "Церковь во имя Святого благоверного Александра Невского основана на месте остатков храма, сооруженного Св.равноапостольным царём Константином. 1887 - 1896 г.г.".
В базилике, закрытый стеклом расположен остаток стены, принимаемой русской традицией за порог Судных Врат. Над ним возвышается распятие, водружённое на природную скалу. Стены церкви покоятся на огромных известняковых блоках, уложенных прямо на скальное основание, кладка которых относится к периоду правления Ирода Великого. В церкви обращают на себя внимание арка византийского происхождения, две колонны римского периода (в углу за распятием) и стенная роспись, изображающая страдания Иисуса.
Рядом с порогом Судных врат висят бронзовые доски с именами жертвователей на храм. Среди них - несколько очень известных имен: В.Н.Хитрово - чиновник Министерства финансов; Фан-дер-Флит - учёный - востоковед; Е.В.Путятин - дипломат, адмирал, граф; А.П.Беляев - историк; П.А.Васильчиков - гофмейстер Двора; Ф.П.Корнилов - член Госсовета; Его императорское Высочество Александр III, Великие Князья Николай Николаевич и Константин Николаевич, Великая Княгиня Александра Георгиевна; протоиерей Г.Г.Сретенский; епископ Порфирий, архимандрит Антонин и патриарх Антиохийский Мелетий.
На стенах церкви висят иконы работы Николая Андреевича Кошелева (1840 - 1918 г.г.) - академика Петербургской Академии художеств, который побывал в Палестине в 90-е годы специально для того, чтобы написать их для этого храма и Троицкого Собора. Кстати, в Русском музее хранятся его акварельные эскизы, точно соответствующие оригиналам икон. Среди живописных полотен - этюд И.Е.Репина "Несение Креста" (1898 г.), который он подарил церкви, подлинники картин И.Н.Крамского, В.А.Серова, ряда других менее известных мастеров.
Витражи во втором ярусе алтарной апсиды представляют собой образец искусства эпохи модерна. Нужно отметить, что, если в католических храмах витражи давно и прочно заняли своё место, то в православных, до конца XIX века, они носили случайный характер. Теперь же архитекторы, проектируя новые храмы, закладывали витражи, как неотъемлемую часть целостного образа. Неорусский стиль стал сочетать в себе идеалы допетровской архитектуры с новым направлением модерн, который дал возможность много полнее раскрыть эстетический потенциал витража, его способность украшать и одухотворять пространство, формировать особый образ интерьера, передавать сложную гамму эмоций и настроений.
До революции Александровское подворье и церковь Александра Невского принадлежали Русскому Императорскому Палестинскому Православному Обществу. Теперь же церковь, находящаяся в ведении Архиерейского Синода Русской Православной Зарубежной церкви с центром в Нью-Йорке, вновь отдана в распоряжение восстановленного частным образом Русского Православного Палестинского Общества, уже не императорского. Подворье включает в себя также помещения для приёма паломников, 11 из которых предназначены для приёма знатных гостей, зал для приёмов, внутренний двор и музей.